1991 yılında Samanyolu televizyonunda Gündemdekiler adlı bir programı yapmaya başladı. Güney'in iddialarına göre bu sıralarda Harp Okulu'ndan bir öğrenci, kendisini emekli Albay Necabettin Ergenekon ile tanıştırdı. Albay Ergenekon kendisinin 1982'de emekli olduğunu söyleyerek, Güney'i tanımadığını beirtmiştir. Oysa Güney, Necabettin Ergenekon sayesinde Veli Küçük ile tanıştığını da iddia etmektedir. STV'den sonra Tercüman gazetesinde ardından da HBBtelevizyonunda çalışmaya başladı. Güney, burada Veli Küçük’ün adamları olduğunu söylediği Behiç Kılıç ve Selahattin Sadıkoğlu ile tanıştı ve onlarla beraber Akşam gazetesine geçti. 1996'da Akşam'dan da ayrıldı.
Sabah gazetesinin haberine göre Veli Küçük, Tuncay Güney`i gazeteci kimliği adı altında Mesud Barzani, Celal Talabani ve Hizbullah lideri Fadlallah ve Hasan Nasrallah`a istihbarat edinmesi için ve JİTEM`in imkânlarıyla göndermişti. Ancak Güney, Kuzey Irak ve Lübnan`da JİTEM adına yaptığı tüm istihbaratı önce MİT`e veriyor, daha sonra MİT`in bilgisi dahilinde JİTEM ile paylaşıyordu.
1 Mart 2001'de otomobil kaçakçılığı ile ilgili bir operasyonda Ümit Oğuztan ve eniştesi Adem Taşdemir ile birlikte Emniyet Müdürlüğü Asayiş Şube Müdürlüğü tarafından gözaltına alındı. Bu gözaltının nedeni Timur Büyükölmez adlı bir vatandaşın, bir jeep alım satımıyla ilgili olarak Erdal Güventürk ve Orhan Sonuç adlarındaki iki polis tarafından dolandırıldığı iddiasıyla Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvurması sonucu yapılan incelemede kendilerini polis olarak tanıtan bu kişilerin Güney ve Adem Taşdemir olduğu ortaya çıkması. Bunun üzerine düzenlenen operasyonda, olaya karıştığı düşünülen kişiler gözaltına alındı. Güney’in evinde yapılan aramada, 2 ruhsatsız tabanca, 36 fişek ve 115 sahte diploma, üzerinde Güney’in fotoğrafları olan sahte kimlikler ile pek çok farklı belge ele geçirildi. Sorgulamalar devam ederken, 6 Mart 2001’de Güney’le birlikte hareket ettiği ileri sürülen Teğmen Murat Oğuz’un evinde ve Hasdal Kışlasında bulunan birliğindeki odasında askeri savcı nezaretinde arama yapıldı ama suç delili sayılacak herhangi bir bulguya rastlanmadı. Aynı soruşturma kapsamında gözaltına alınan Ümit Oğuztan ile Güney’in ortak işyerlerinde yapılan aramada ise Güney'in evi ve iş yerinde yapılan aramalarda Ergenekon örgütü ile ilgili 6 çuval doküman bulundu. Önce Gayrettepe'deki Asayiş Şube Müdürlüğü'nde sorgulaması yapılan Tuncay Güney, birkaç gün sonra resmi kayıtlara göre "ifadesinde Susurluk olayı ve bir kısım organize suç örgütleriyle ilgili beyanda bulunduğunun tespiti üzerine" İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne teslim edildi. Güney, kendisini sorgulayan Organize Şube Müdürü Adil Serdar Saçan'a Ergenekon hakkında detaylı bilgiler verdi.
Tuncay Güney,2008 yılında Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınacak olan Doğu Perinçek, Ümit Oğuztan, Adnan Akfırat, Levent Temiz, Sedat Peker, Drej Ali, Sami Hoştan gibi isimlerin Ergenekon yapılanması içerisinde yer aldığını bu sorguda söylemiştir.
Yapılan soruşturmanın sonucunda Tuncay Güney, Adem Taşdemir, Ümit Oğuztan ve Gökhan Kasap hakkında 16 Mayıs 2001 tarihinde İstanbul DGM Cumhuriyet Başsavcılığı’nca “cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak”, “sahte resmi evrak kullanmak”, “sahte nüfus cüzdanı Bu esnada, işadamı Korkmaz Yiğit’in güvenlik müdürlüğünü yapan emekli emniyet müdürü Ümit Bavbek, Güney’den yardım talep etti. Bavbek, Korkmaz Yiğit’in Akın Birdal'a Türk İntikam Tugayı adına düzenlenen suikastın azmettiricisi Semih Tufan Gülaltay tarafından bir alacak verecek sorunu sebebiyle tehdit edildiği belirterek, devreye girmesini istedi. Güney Bavbek'in isteğini kabul etti. Gürleyen ve Bavbek, daha sonra teğmen Oğuz ve Güney’e emekliye ayrılmak üzere olan Tuğgeneral Veli Küçük’e armağan edilmesi için bir cip verdi. Küçük’ün cipi kabul etmemesi üzerine, Güney ve Oğuz, alacaklarına karşılık olarak otomobile el koydu. Plakasının sahte olduğu anlaşılan ve Güney ile Oğuz'un bir süre kullandıkları cip daha sonra gazete ilanıyla satışa çıkarıldı. Otomobil iki ayrı kişiye satıldı ve bu iki kişden ayrı ayrı peşinat alındı. Durum ortaya çıkınca otomobili satın alan kişiler şikâyetçi oldu. kullanmak”, “memuriyet unvanının gaspı” ve “dolandırıcılık” suçlarından dava açıldı. Davanın iddianamesine göre; Güney, İstanbul Hasdal Kışlası’na tayin olan ve Maliye Bütçe Subayı olarak görev yapan teğmen Oğuz’la lüks ve pahalı araçlara sahte ruhsat ve plaka hazırlamak konusunda anlaştı. Güney ve Oğuz’un teklifini kabul eden ve Güney’in şoförlüğünü yapan kayınbiraderi Adem Taşdemir de bu organizasyonun içinde yer aldı.
Güney'in bu sorgusunda 1997'de askerliğini yaparken tanıştığı ve 2001'de Hasdal Kışlası'nda Maliye Bütçe Subayı olarak görev yapan teğmen Murat Oğuz ile birlikte arsa dolandırıcılığına karıştığı anlaşıldı. Güney ve Oğuz, kendilerini JİTEM'in görevlileri olarak tanıtmış ve Kilyos Kısırkaya köyü muhtarıyla anlaşarak köy arazilerini ve İl Özel İdare'ye ait köy plajını üçüncü kişilerin ele geçirmesine aracılık etmişlerdi. Kısırkaya köyü muhtarı da bu iddiayı doğrulamaktadır. Oğuz'un 2001'de askerliğini yaptığı Hasdal Kışlası'nda Ergenekon Operasyonu'nu başlatan Ümraniye'deki el bombalarının sahibi Oktay Yıldırım ve yine aynı davanın sanıklarından olan albay Fikri Karadağ da bulunmaktadır. Aynı yıl Üzeyir Garih cinayeti'ni işleyecek olan Yener Yermez ise Hasdal'da teğmen Oğuz'un çaycılığını yapmaktaydı.
Güney, Mart 2001'deki bu operasyonun polis müdürü Adil Serdar Saçan'ın Ergenekon'un faaliyetlerini anlatan elindeki dosyalara ulaşmak için yaptığı bir komplo olduğunu savunmaktadır. Güney resmî ifade süresi 4 gün olmasına rağmen 9 gün gözaltında tutulduğunu ve bu süre içinde kendisine ağır işkenceler yapıldığını cinsel organına elektrik verildiğini söylemektedir. 2003 yılında üniversite öğrencilerine işkence yaptığı iddiasıyla meslekten ihraç edilmiş olan Adil Serdar Saçan ise Güney'in bu suçlamalarını reddetmiş "Anlatan adama niye işkence yapılsın?" demiştir. 2001'de kendisi hakkında dolandırıcılık suçundan dava açılmasına rağmen Ergenekon belgelerine ilişkin hiçbir işlem yapılmayan Güney, davada ablasının ödediği kefaletle serbest bırakıldı. Önce İstanbul 4 No’lu DGM’de başlayan, sonra İstanbul 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne gönderilen dava kapsamında Güney'in, ifadesi alınamadı. Süren dava nedeniyle kendisi hakkında yurtdışına çıkış yasağı olmasına rağmen ABD'ye gitti. Eski avukatı Aydın'ın verdiği bilgiye göre, davadaki şikayetçiler zararları tazmin edildiği için şikayetlerini geri çekti. Güney bu zararları ise, ablası ve Taksim'deki kendisine ait binanın satışıyla karşıladı. Belgeler İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne geri verildi. Şube de kasetleri Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na iletti. Bu olayla ilgili Fatih 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Saçan, bu davada 5 ay hapis cezası aldı. Saçan 23 Eylül 2009 tarihinde Ergenekon soruşturmasının 9. dalga operasyonunda Ergenekon yapılanmasının üzerini örtmek ve örgütle ortak iş yapmakla suçlamasıyla tutuklandı. Tuncay Güney'in sorgu kasetleri ve ondan ele geçirilen Ergenekon belgeleri 12 Aralık 2003'te Duyu-San şirketinin yanındaki Karadeniz Ekmek Fırını'nın altında Terörle Mücadele ekiplerinin yaptığı bir baskında bulundu.
İddiaya göre Güney'in JİTEM kimliğinin deşifre olmasını istemeyen Veli Küçük, Güney'in serbest bırakılmasını sağladı. MİT derhal devreye girdi ve bizzat MİT Müsteşarı Şenkal Atasagun, Amerikan haberalma servisi CIA ile iletişim kurarak Güney'e 10 yıl süreli ABD vizesi aldı. Güney kendi adına pasaport ile MİT İstanbul Bölge Başkanı Kubilay Günay'ın ekibi eşliğinde Türk Hava Yolları'nın New York tarifeli uçağıyla ABD'ye gönderildi.
Cip davası nedeniyle Güney hakkında 27 Ocak 2003’te “gıyabi tutuklama” kararı çıkarıldı. Ancak 2009 Şubat ayında dava zaman aşımına uğradı ve gıyabi tutuklama kararı da kaldırılmış oldu.