Susurluk'taki kazadan sonra ortaya atılan iddialar ve bağlantılar, Cumhurbaşkanlığı, TBMM Başkanlığı, Başbakanlık, emniyet ve adli makamlar ile sivil toplum kuruluşları arasında değişik boyutlarıyla araştırma konusu yapıldı.
İstanbul DGM Cumhuriyet Başsavcılığı, kazadan sonra ortaya atılan iddialar arasında adı geçince istifa eden dönemin İçişleri Bakanı Mehmet Ağar ile DYP Şanlıurfa Milletvekili Sedat Edip Bucak hakkında 11 Şubat 1997 günü dokunulmazlıklarının kaldırılması istemiyle hazırladığı fezlekeyi, Adalet Bakanlığı aracılığıyla TBMM Başkanlığı'na gönderdi.
Başsavcılık, 11 Aralık 1997'de Meclis Genel Kurulu'nda yapılan oylama sonucu bu suçtan dolayı yasama dokunulmazlıkları kaldırılan Ağar hakkında, 7 ile 15 yıl arasında ağır hapsi gerektiren ''Gıyabi tutuklama kararı ile aranan Abdullah Çatlı'nın yerini bildiği halde yetkili mercilere haber vermeyerek saklamak'', ''Öz ve Çatlı gibi kişilere silah taşıma izin belgeleri ve hususi yeşil pasaport vererek görevi suiistimal etmek'' ve ''Cürüm işlemek amacıyla teşekkül oluşturmak'', Sedat Edip Bucak hakkında da 11 ile 20 yıl arasında ağır hapsi gerektiren ''Gıyabi tutuklama kararıyla aranan Abdullah Çatlı'nın yerini bildiği halde yetkili mercilere haber vermeyerek saklamak'', ''Cürüm işlemek amacıyla teşekkül oluşturmak'' ve ''Vahim nitelikte silah bulundurmak'' suçlarından dolayı kamu davası açtı.
İstanbul 6 No'lu DGM, 4 Mayıs 1998'deki duruşmada, isnat edilen suçların bakanlık dönemine ait olduğu ve dolayısıyla Anayasa'nın 100. maddesindeki prosedürden sonra Yüce Divan'da yargılanabileceği gerekçesiyle Ağar hakkında ''Görevsizlik kararı'' verdi. Aynı duruşmada, Bucak'ın dosyası ise ana davayla birleştirildi. İstanbul DGM Cumhuriyet Başsavcılığı'nın bu kararı temyiz etmesi üzerine istemi görüşen Yargıtay 8. Ceza Dairesi, 9 Temmuz 1998'de Ağar'a isnat edilen suçların bakanlık değil, Emniyet Genel Müdürlüğü dönemini kapsadığı, bunun için Ağar'ın Memurin Muhakematı Yasası'ndaki usul izlendikten sonra yargılanabileceğine işaret etti ve ''Görevsizlik kararı''nı bozarak, ''Yargılamanın durdurulması'' kararı aldı.
İstanbul 6 No'lu DGM de, Yargıtay'ın bozma kararına uyarak dosyayı Danıştay'a gönderdi.
18 Nisan 1999'da yapılan seçimlerde hakkında usuli işlemler süren Ağar Elazığ'dan, İstanbul 6 No'lu DGM'de yargılanan Bucak da Şanlıurfa'dan yeniden milletvekili seçilince haklarındaki yargılama prosedürü 3 Mayıs 1999 tarihinde durduruldu.
Raporlar hazırlandı
Susurluk kazasından sonra dönemin Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel, Çankaya Köşkü'nde liderler zirvesi düzenleyerek hem dönemin ana muhalefet partisi lideri Mesut Yılmaz, hem de görevden alınan İstanbul eski Emniyet Müdürü Kemal Yazıcıoğlu'nun kendisine ilettiği bilgiler hakkında siyasi parti liderlerine bilgi verdi.
Cumhurbaşkanı Demirel daha sonra, 8 Kasım 1996'da kendisine sunulan bir ihbar dosyası ile 17 Kasım 1996'da ANAP Genel Başkanı Mesut Yılmaz'dan aldığı bilgileri bir yazıyla Başbakanlık'a gönderdi. Dönemin Başbakanı Necmettin Erbakan da ihbar konularının incelenmesi, araştırılması ve soruşturulması için 18 Kasım 1996 günü Başbakanlık Teftiş Kurulu'na talimat verdi. Kurulun hazırladığı aslı 57, ekleri ise 4 bin 132 sayfadan oluşan raporu 10 Ocak 1997'de düzenlediği basın toplantısıyla açıklayan dönemin Adalet Bakanı Şevket Kazan, 21 konunun inceleme ve araştırmaya alındığını, bu konularda 35 kişi hakkında adli mercilerce soruşturma açılması, 85 kişinin de tanık olarak dinlenmesinin istendiğini bildirdi.
Raporda yer alan bilgi ve belgeler, 13 Ocak 1997'de ilgili cumhuriyet başsavcılıklarına gönderildi. Mesut Yılmaz'ın başbakan olmasından sonra Susurluk bağlantılı olayların araştırılması için tam yetkili olarak görevlendirdiği Başbakanlık Teftiş Kurulu Başkan Vekili Kutlu Savaş, raporunu tamamlayarak Başbakanlık'a sundu. Bir kısmı bizzat Mesut Yılmaz tarafından kamuoyuna açıklanan raporda, Özgür Gündem Gazetesi'nin bombalanması, Ömer Lütfü Topal, Behcet Cantürk, Musa Anter, Hikmet Babataş ve Cem Ersever'in öldürülmeleri, Tarık Ümit'in kaybolması, Mehmet Ali Yaprak'ın kaçırılması, Azerbaycan'daki darbe girişimi, yasadışı örgütlerle mücadele yöntemleri, bankalardan trilyonluk kredi aktarımları, uyuşturucu ticareti ve kara para aklama olayları ayrıntılı olarak irdelendi.
Emniyet Genel Müdürlüğü, MİT ve JİTEM'in yapısı, buralarda görev yapan bazı kişiler ile çeteler, bazı siyasetçiler, bazı işadamları ve devlet adına görev yaptıklarını öne süren bazı kişiler arasındaki ilişkilerin gözler önüne serildiği rapor, kamuoyunda günlerce tartışıldı. Söz konusu raporda sıkça adı geçen ''Yeşil'' kod adlı Mahmut Yıldırım, aradan geçen süre içerisinde yürütülen çabalara rağmen henüz yakalanamadı.
TBMM bünyesinde oluşturulan Susurluk Araştırma Komisyonu da yaklaşık 3 aylık çalışma süresinde Ankara'da Sedat Bucak ve Mehmet Ağar'ın da aralarında bulunduğu 41 kişiyi tanık olarak dinledi. İstanbul'a da gelen komisyon üyeleri, o dönemde Metris Cezaevi'nde tutuklu bulunan özel timcilerin de aralarında olduğu 16 kişiyi de dinledikten sonra hazırladıkları raporu TBMM Başkanlığı'na sundular. Raporun hazırlanmasına bir süre katkıda bulunan hakim Akman Akyürek, 8 Aralık 1997'de TEM Otoyolu Maslak katılımında geçirdiği trafik kazasında hayatını kaybetti.
Tüm bu girişimler sürerken ''temiz toplum'' istemlerini dile getirmek üzere sivil toplum kuruluşları öncülüğünde Şubat 1997'de tüm ülke genelinde başlatılan ''Sürekli aydınlık için bir dakika karanlık eylemi'' büyük ilgi gördü.
Görevden uzaklaştırmalar
Ağar'ın istifasıyla İçişleri Bakanlığı'na getirilen Meral Akşener, 5 Aralık 1996'da yaptığı açıklamada, Ömer Lütfü Topal'ın öldürülmesi olayıyla ilgili soruşturmanın selameti açısından İstanbul Emniyet Müdürü Kemal Yazıcıoğlu, Yardımcısı Bilgi Ünal, Özel Harekat Dairesi eski Başkan Vekili İbrahim Şahin ile soruşturma kapsamında adları geçen özel timci polis memurlarının görevden uzaklaştırıldıklarını bildirdi.
Susurluk konusunda bazı medya kuruluşlarında açıklamalarda bulunan Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Dairesi Başkan Vekili Hanefi Avcı da daha sonra görevinden alındı.
