Soruşturmayı yürüten savcılar kıdem sırasına göre; Ercan Şafak, Mehmet Ali Pekgüzel, Murat Yönder, Fikret Seçen, Zekeriya Öz, Nihat Taşkın'dır. İlk 4 savcı birinci sınıf savcıdır. Ancak medyada Zekeriya Öz "ekip başı" olarak lanse edilmektedir. soruşturma, Öz'ün "tek taraflı tasarrufu" gibi algılatılmak istenmiştir.birinci sınıf savcılar Rasim Işıkaltın, Kasım İlimoğlu ve Mustafa Çavuşoğlu'nun özel yetkili ağır ceza mahkemelerindeki 21 savcıya ek olarak görevlendirilmiştir. İstanbul Başsavcı Yardımcısı Turan Çolakkadı Ergenekon soruşturmasını yürüten ekibin başıdır.
Ergenekon savcıları hakkında; sanıklar Muzaffer Tekin, Ergün Poyraz, Kemal Kerinçsiz ve Doğu Perinçek’in yanısıra emekli kıdemli albay Erdal Sarızeybek, Hakimler ve Savcılar Yüksek Kuruluna suç duyurusunda bulundu. Bunun üzerine inceleme başlatıldı. Ancak soruşturma talebi reddedildi.Gazeteci Can Dündar, Savcı tarafından illegal olarak davet edilip sorgulandığını ancak bunun ifade tutanağına geçmediğini bildirmiştir. 1997'de Ergenekon örgütütnün varlığını ilk kez kamuoyuna duyuran isim olan Can Dündar, ayrıca 2008 yılındaki Ergenekon Operasyonu'nun derin devleti temizlemek değil, bu bahaneyle muhalifleri tasfiye etmek ve kendi derin devletini yaratmak olduğunu savunmuştur.
Ergenekon soruşturması hakkında operasyonların yapılış biçimine yönelik eleştiriler getirilmiştir. Zanlıların ifadelerinin çağrı yolu ile alınması yerine sabahın erken saatlerinde gözaltına alınmaları, teknik takip adıyla yeni bir kanıt sisteminin oluşturulması ve iddianamelerin çok geç hazırlanması nedeniyle bir tedbir olan "tutuklama" olayının fiilen cezaya dönüştürülmesi bir çok kişi tarafından eleştirlmiştir.
Aydınlık dergisi savcı Öz hakkında bazı iddialar ortaya atmıştır. İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi 1991 mezunu Zekeriya Öz 1997 yılında savcı olmuştur. Ancak aylarca kamuoyunda ilk görev yeri Mutki olarak tanıtılmasına rağmen Aydınlık Dergisi'nin ve Ulusal Kanal televizyonunun verdiği habere göre ilk görev yerinin Çine olduğu ortaya çıkmıştır. Aydınlık Dergisi, kapağından "Ergenekon Savcısının Gizlenen 4 Yılı" başlıklı haber de Zekeriya Öz'ün, görev yaptığı Çine'de esnaftan haraç aldığı, adliyede yolsuzluk yaptığı, bir iş adamının Öz'ün kafasına silah dayadığı, Öz'ün eşinin çarşaflı olduğu ve evinde haremlik-selamlık oturulduğu duyuruldu. Ancak daha sonra Zaman Çine'de yaşayan, adliyede çalışan kişilerin verdiği ifadelere göre hazırladığı haberde Aydınlık'ın haberinin yalan olduğunu; haraç, sürülme, yolsuzluk gibi iddiaların tamamen asılsız olduğunu savundu.
Tutuklu sanıklardan Doğu Perinçek'in çıkarttığı Aydınlık Dergisi'nin verdiği habere göre Savcı Zekeriya Öz döner sermaye parasının aralarında paylaşılması isteğini redden kıdemli savcı Ayhan Uğurdan tarafından Hakimler ve Savcılar kuruluna şikayet edilmiş ve Mutkiye sürüldüğü söylemişse de hakimlerin önce batı görevi, sonra da şark görevi yaptığı bilinmektedir. Bu iddiaya halen Adalet Bakanlığı ya da kendisi tarafından tekzip etme gereği duymamıştır.
Soruşturma kapsamında tutuklu bulunan bir çok sanık sağlık durumu nedeniyle tahliye edilmiştir. Bu kişiler arasında Hurşit Tolon, Şener Erugur ve Ferid İlsever de bulunmktadır. Levent Ersöz de firari iken prostat ameliyeti olmak için sahte kimlikle geldiği hastanede tutklanmıştır. Daha sonra GATA'ya nakledilen Ersöz'ün GATA'ya sevkinde usulsülük olduğu tespit edilmiştir. 20 Haziran 2007'de Ergenekon soruşturması kapsamında sağlıklı bir biçimde tutuklanan Kuddusi Okkır'ın, cezaevinde kaldığı dönemde sağlığı bozuldu. 10 Mayıs 2008'de Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne yatırıldı ve yapılan tetkiklerde "akciğer kanseri, beyin ve kemik metastası" teşhisi kondu. Kuddusi Okkır, sağlık sorunları nedeniyle savcılığın talebiyle nöbetçi mahkeme tarafından 1 Temmuz 2008 tarihinde serbest bırakıldı. Okkır, tahliyesinden beş gün sonra Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde hayatını kaybetti. Kuddusi Okkır'ın hakkındakı suçlamaları öğrenemeden kanserden ölmesi büyük tepkiyle karşılandı. Kuddusi Okkır'ın ölümü ile ilgi olarak CHP grup başkanvekillerinin hazırladığı araştırma önergesinin gerekçesinde hangi suçla suçlandığını bile bilmeyen bir kişinin, tutukluluk sürecinin, infaz edilen bir cezaya dönüşmesinin, en temel insan hakkı olan yaşam hakkının ihlali olduğu belirtildi. Kuddusi Okkır'ın eşi Sabriye Okkır'la görüşen TBMM İnsan Hakları Komisyonu başkanı Zafer Üskül Okkır’ın ölümü insan haklarına aykırı olduğunu söyledi.