İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 10 Temmuz 2008 gün ve 1536/2007 numaralı soruşturma evrakı üzerinden 623/2008 sayılı; 47'si tutuklu 86 şüpheli hakkında hazırlanan 441 klasör, 2455 sayfadan ve oluşan Ergenekon iddianamesi ile ilgili incelemesini 25 Temmuz 2008 Cuma günü tamamlayarak iddianamenin kabulüne karar verdi. Mahkeme ayrıca dava ile ilgili tutuklananların farklı infaz ve tutukevlerinde bulunmalarını dikkate alarak, bütün tutuklu sanıkların Silivri Ceza İnfaz Kurumları Kampüsü'ne nakledilmesine karar verdi. Ergenekon isminin, örgüt üyesi olduğu iddia edilen kişilerin kendilerinin verdikleri bir isim olduğu için savcılar tarafından da kullanıldığı ifade edilmiştir. İddianamede, Danıştay saldırısında öldürülen hakim Mustafa Yücel Özbilgin maktül, yaralanan Mustafa Birden, Ayla Gönenç, Ayfer Özdemir ve Ahmet Çobanoğlu mağdur olarak geçiyor.
Ergenekon davasında 2. iddianame 10 Mart 2009 salı günü İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. 19'u tutuklu 37'si tutuksuz toplam 56 şüpheli hakkında iddiaların yer aldığı İddianame 1909 sayfa olarak hazırlandı. 2. iddianame 25 Mart 2009 Çarşamba günü kabul edildi. Davanın ilk duruşması 20 Temmuz 2009 da yapılacak.
48'i tutuklu, 29 tutuksuz 77 şüpheli hakkında daha sonraki bir tarihte 3. iddianame hazırlanacak.