Savcılık iddianamesinde örgütün yöneticileri olarak gösterilen Emekli Tuğgeneral Veli Küçük, Cumhuriyet gazetesi başyazarı İlhan Selçuk, İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu, İşçi Partisi genel başkanı Doğu Perinçek, Emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin ve Türk Ortodoks Patrikhanesi basın sözcüsü Sevgi Erenerol Türk Ceza Kanunu' na göre yalnız kendi işlediği suçlardan değil örgütün gerçekleştirdiği bütün eylemlerden yargılanacaklar.
Ergenekon, örgütün başkanına doğrudan bağlı olan 4 daire komutanlığı ile iki sivil başkanlıktan oluştuğu savunulmuştur. İddianameye göre bu başkanlıklar şöyledir:
- Ergenekon Başkanlığı
- İstihbarat Dairesi Komutanlığı
- İstihbarat Analiz ve Değerlendirme Dairesi Komutanlığı
- Operasyon Dairesi Komutanlığı
- Finansman Daire Başkanlığı (Sivil)
- Örgüt içi Araştırma Dairesi Komutanlığı
- Teori Tasarım ve Plânlama Dairesi Başkanlığı (Sivil)
İddianamede, yukarıdaki birimlerden yalnızca Teori Tasarım ve Plânlama Dairesi Başkanlığı'nın hiyerarşik yapısı deşifre edilebildiği ve bu başkanlığın yapısının aşağıdaki gibi olduğu belirtiliyor.
- Gizli ve sivil yapılanma arasında koordinasyonu sağlayan köprü personel: Veli Küçük ve Muzaffer Tekin.
- Lobi yöneticileri: M. Zekeriya Öztürk, Kemal Kerinçsiz, İsmail Yıldız ve Erkut Ersoy.
- Sivil Toplum Örgütleri Sorumlusu: Sevgi Erenerol. (yardımcısı) Kemal Kerinçsiz.
- Teori Senaryo, Kara Propaganda ve Dezenformasyon Departmanı Sorumlusu: Doğu Perinçek.
- Mafya Yapılanması Sorumlusu: Veli Küçük. Muzaffer Tekin (yardımcısı)
- İrtibat kurulan yeraltı dünyası isimleri: Ali Yasak, Sami Hoştan, Semih Tufan Gülaltay ve Sedat Peker.
- Terör örgütleri sorumlusu: Veli Küçük ve Doğu Perinçek.
- Üniversite yapılanması: Kemal Yalçın Alemdaroğlu, Emin Gürses, Habib Ümit Sayın
- Araştırma ve Bilgi Toplama Departmanı Sorumlusu: Mehmet Zekeriya Öztürk.
- Hukuk departmanı sorumlusu: Kemal Kerinçsiz, Fuat Turgut ve Nusret Senem.