Ergenekon iddianamesinin sivil toplum yapılanması bölümünde örgütün şu kuruluşlarla irtibatlı olduğu savunulmuştur.
- Kuvayı Milliye Derneği
- Vatansever Kuvvetler Güç Birliği Hareketi
- Atatürkçü Düşünce Derneği
- Biz Kaç Kişiyiz
- Büyük Hukukçular Birliği
- Ayasofya Derneği
- Uluslararası Noel Baba Barış Konseyi
- Kuvvacılar Derneği
- Büyük Güçbirliği Derneği
- Ulusal Sanayici ve İşadamları Derneği
- Ulusal Birlik Hareketi Platformu
- Öncü Gençlik
- Anadolu Uyanış ve Dayanışma Platformu
- Türkiye'm Topluluğu
- Türkiye Gençlik Birliği