Ergenekon'un Danıştay Saldırısı, Cumhuriyet gazetesinin bombalanması, suikast ve darbe planlamakla suçlandığı iddianamede bazı tanıkların ifadeleri sonucu Türkiye'nin yakın tarihindeki önemli olaylarla ilgili iddialar ortaya atılmıştır.
Gazi Mahallesi olayları: 12 Mart 1995 günü akşam saatlerinde İstanbul’da Alevi vatandaşların çoğunlukta yaşadığı Gazi Mahallesi'ndeki üç kahvehane ve bir işyeri aynı anda kimliği belirsiz kişilerce bir taksiden otomatik silahlarla açılan ateşle taranmış ve bu saldırılar sonucu Halil Kaya isimli bir vatandaş hayatını kaybederken, beşi ağır yirmi beş kişi yaralanmıştı. Olayların ardından çok sayıda Alevi vatandaş, Gazi Mahallesi'nde toplanıp, emniyet kuvvetlerinin olaya geç müdahale ettiklerini öne sürerek polis karakoluna yürümüştür. Polisler grubun üzerine kurşun yağdırmasıyla başlayan olaylar çok sayıda vatandaşın ölümüne neden olmuştu. Ergenekon iddianamesinde ise 9 nolu gizli tanığın Gazi Mahallesi olaylarının emrini Veli Küçük’ün verdiğini söylediği kahvehanenin taranması ile 13 kişinin öldürülmesi olayını Veli Küçük ile beraber hareket eden Osman Gürbüz'ün gerçekleştirdiği öne sürüldü.
Necip Hablemitoğlu suikastı: Danıştay saldırısı hükümlüsü Osman Yıldırım 2002 yılı Aralık ayının başında Osmanbey’de bulunan yazıhanelerinden birinde Veli Küçük, İbrahim Genç, Esen Türkyılmaz, Muzaffer Tekin ve Osman Gürbüz’ün olduğu toplantıda, Gürbüz’ün kendisine para karşılığı Necip Hablemitoğlu’nu öldürmeyi teklif ettiğini ancak kendisinin kabul etmediğini söylemiştir. Hablemitoğlu bu olaydan birkaç hafta sonra evinin önünde uğradığı silahlı saldırı sonucunda öldürülmüştür. Yıldırım'ın ifadesine göre olaydan altı yedi ay sonra Osman Gürbüz kendisine “Hablemitoğlu’nun parasını masalarda bitirdik” sözünü söylemiştir.
Özdemir Sabancı suikastı: Ergenekon iddianamesinin delil klasörlerinde de bulunan ve 2 Eylül2008 tarihinde görüntü basına da yansıyan bir videoda Karagümrük çetesi lideri Nuri Ergin'in sekiz yıl önce Uşak cezaevinde çıkardıkları isyan sırasında çekilen ve Özdemir SabancıMustafa Duyar'ı öldürme emrini kendisine Tuğgeneral Veli Küçük'ün verdiğini söylediği görülmüştür.