Hakkında iddianame düzenlenmiş 142 şüphelinin 60'a yakını davada tutuklu yargılanıyor. Sanıklar arasında dil eğitimi için İngiltere'de bulunan Turhan Çömez de bulunuyor. İddianamede Çömez, yakalamalı şüpheli olarak geçiyor. Anayasa Mahkemesi başkanı Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt ise silahlı terör örgütüne bilerek isteyerek yardım etmekten yargılanacak. Paksüt çifti 13 Mayıs 2008 tarihinde kendilerini takip eden bir araçtan şüphelenip ve araçtaki görevlilerle tartışmışlar. Aracın emniyete ait dinleme aracı ve içindekilerin de polis olduğunu savunan Osman ve Ferda Paksüt, izinsiz olarak dinlendikleri iddiasıyla Cumhuriyet Savcılığı’na suç duyurusunda bulunmuşlardı. Bu olaydan üç ay sonra savcı Zekeriya Öz, Ferda Paksüt'ü Ergenekon soruşturması kapsamında ifade vermek üzere savcılığa çağırdı. Zanlı olarak ifade verdiği öğrenilen Paksüt'ün araçlarının takip edildiği iddiasıyla yaptığı suç duyurusuyla ilgili soruşturmada ise Ferda Paksüt hakkında Ergenekon soruşturması kapsamında İstanbul mahkemelerince verilmiş yasal dinleme kararı bulunduğunu belirlendi. Ferda Paksüt'ün soruşturmanın firari şüphelilerinden olan Turhan Çömez ile aralarında geçen telefon görüşmeleri nedeniyle ifade verdiği biliniyor. Soruşturmanın kilit ismi Tuncay Güney'in ise her iki iddianamede de sanık ya da tanık olarak geçmiyor. Davanın bazı sanıkları için istenen cezalar şöyle:
| Sanık | Hakkında Talep Edilen Ceza |
| Veli Küçük | İki kez ağırlaştırılmış müebbet ve 239 yıldan 524 yıla kadar hapis |
| Sevgi Erenerol | Ağırlaştırılmış müebbet238 yıldan 512 yıla kadar hapis cezası |
| Kemal Alemdaroğlu | Müebbet hapis ve 256 yıldan 524 yıla kadar hapis |
| Doğu Perinçek | İki kere ağırlaştırılmış müebbet ve 244 yıldan 497 yıla kadar hapis |
| İlhan Selçuk | İki kere ağırlaştırılmış müebbet ve 256 yıldan 524 yıla kadar hapis |
| Fikri Karadağ | İki kere ağırlaştırılmış müebbet ve 256 yıldan 524 yıla kadar hapis |
| Şener Eruygur | Üç kere ağırlaştırılmış müebbet ve 142 yıldan 246 yıla kadar hapis, memuriyetten men |
| Hurşit Tolon | Üç kere ağırlaştırılmış müebbet ve 142 yıldan 246 yıla kadar hapis, memuriyetten men |
İddianamede, diğer sanıkların ise değişik suçlamalara ilişkin olarak 1 ile 74 yıl arasında değişen hapis cezalarına çarptırılmaları isteniyor.
