Ergenekon davasınının ilk duruşması 20 Ekim 2008’de Avrupa’nın en büyük cezaevi olan Silivri Ceza İnfaz Kurumları Yerleşkesi’ndeki adliyede görülmek üzere başlandı ancak yapılacak olan ilk duruşma gerekli tedbirler Adalet Bakanlığı ve ilgili Mahkeme tarafından sağlanamadığı için, tutuksuz sanıkların ayrı yargılanması ara kararı verilerek erteledi. (Mahkeme salonunda kimlik tespiti yapılamadığı için duruşma olarak kayda geçilmemesine ve yok sayılmasına ilşkin talep bir sonraki oturumda sanık avukatları tarafından heyete iletilmiştir..) Soruşturmayı yürüten üç Cumhuriyet savcısından Mehmet Ali Pekgüzel ile Nihat Taşkın mahkeme savcısı olarak yargılama boyunca duruşmalara katılacak. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinin bakacağı davanın mahkeme heyeti başkan Köksal Şengün ile üyeler Kemal Can ve Hasan Hüseyin Özese'de oluşuyor.Ayrıca duruşmalarda, ilk olarak Hrant Dink suikastı davasında kullanılan görüntülü ve sesli kayıt sistemi kullanılıyor.
Davanın ikinci duruşmasında, eski Adli Tıp Uzmanı Prof Şebnem Korur Fincancı da bu davada yargılanan bazı sanıklar kendisine ait kişisel bilgileri kaydettiği ve özel telefon görüşmelerini dinlediği için yaptığı müdahillik talebi ile Cumhuriyet gazetesinin üç kez bombalı saldırı düzenlenmesi olayı ile gazetenin doğrudan zarar gördüğünü gerekçe göstererek yaptıkları müdahillik talebi mahkeme heyetince kabul edilirken; DTP, İHD Diyarbakır Barosu gibi parti ve kuruluşların müdahillik talepleri ise reddedildi.
Davanın ilk duruşmalarında bazı sanıklar ve avukatları usule ilişkin bazı itirazlarını dile getirdiler. Doğu Perinçek iddianamede partisinin bir suç örgütü olarak gösterildiğini ve mahkemenin kendisini yargılayamayacağını iddia etmiş ve görevsizlik kararı vererek kendisini Anayasa Mahkemesinin yargılamasını talep etmiştir. Ancak Perinçek'in talebi reddedilmiştir.
- Esas ve Usule İlişkin İtirazlar, Talepler
- Avukat Kadir Kartal dava ile ‘Ergenekon’ sözcüğünün yan yana kullanılmaması için karar alınarak bunun resmi gazetede yayınlanmasını istedi. Talep reddedildi
- Kerinçsiz, "doğal hakim ilkesi"nin de ihlal edildiği iddiasında bulunarak, bakanlık ve başsavcılık nezdinde yapılan düzenlemelerin doğal hakim ilkesine aykırı olduğunu öne sürdü. Bir davaya bakmak üzere mahkeme oluşturulamayacağını dile getiren Kerinçsiz, "Mahkemenin elinden tüm dosyalarının alınıp bu davaya özgü hale getirilmesi, mahkemeyi, özel bir mahkeme haline getirmiştir. Bu şekilde mahkeme, tabii mahkeme olma özelliğini ve bağımsızlığını kaybetmiştir" dedi. Talep reddedildi
- Vedat Yenerer'in avukatı Vural Ergül bütün tutuklular hakkındaki suçlamaların Tuncay Güney'in mülakatına dayandığını belirterek,daha önce Emekli Sandığından maaş aldığının ortaya çıktığını, yetkililerin, "bunun, babasından kaynaklanan yetim maaşı olduğunu" ancak bunun doğru olmadığını ispatladığını, bu nedenle Emekli Sandığından, "Güney'e yapılan ödemenin MİT'te istihbarat elemanı olarak çalışmasından kaynaklanıp kaynaklanmadığı"nın ya da "neden ödeme yapıldığı"nın sorulması isteminde bulundu.