Ergenekon davası sırasında en çok tartışılan isimlerden biri de 2001 yılında Organize Şube Müdürü Adil Serdar Saçan'a Ergenekon hakkında detaylı bilgi vererek deşifre olmasını sağlayan Tuncay Güney oldu. Ergenekon davasının 16. duruşmasında mahkeme heyeti, MİT belgelerinde Tuncay Güney İpek olarak yer alan kişinin Tuncay Güney olup olmadığını Millî İstihbarat Teşkilatı'ndan sorulması kararı aldı. Bu karardan bir kaç gün sonra Sabah gazetesinin manşetinden "Tuncay Güney MİT'in İpek'iydi" başlıklı bir haber yayınlamasıyla Tuncay Güney'in eski MİT mensubu olduğu ortaya çıktı. Haberdeki belgelere göre; Tuncay Güney genç yaşında, MİT İstanbul Bölge Başkanı Galip Tuğcu tarafından MİT'e kazandırıldı. 1990'larda önce MİT'in Gerici Faaliyetler Şubesi'nde ardından İran Masası'nda çalıştı. Bu amaçla genç bir gazeteci olarak, Ortadoğu'daki liderlerle yüzyüze görüşmeler yaptı. Fakat, 1992 yılında MİT Tuncay Güney'in görevini değiştirdi. Kendisine JİTEM'in ve Ergenekon'un içine sızma görevi verilen Güney, ilk kez bu tarihte Ağrı'da görev yapan albay Veli Küçük ile tanıştı. 1996 ve 1997 yıllarında Susurluk skandalı ve 28 Şubat sürecinde elde ettiği önemli bilgileri, MİT'in çalışma merkezi olarak kullanan Dolmabahçe Sarayı Harem Dairesi'ne götürdü. 2001 yılında dönemin İstanbul Organize Suçlar Şubesi Müdürü Adil Serdar Saçan tarafından sorgulanan Tuncay Güney'in kimliği deşifre edildi. İddiaya göre Güney'in JİTEM kimliğinin deşifre olmasını istemeyen Veli Küçük, Güney'in serbest bırakılmasını sağladı. 1996 yılında Susurluk olayı sırasında kaybolan Tarık Ümit'in cesedinin dahi bulunamadığını bilen MİT, derhal devreye girdi. Bizzat MİT Müsteşarı Şenkal Atasagun, Amerikan haberalma servisi CIA ile iletişim kurarak Güney'e 10 yıl süreli ABD vizesi aldı. Güney kendi adına pasaport ile MİT İstanbul Bölge Başkanı Kubilay Günay'ın ekibi eşliğinde Türk Hava Yolları'nın New York tarifeli uçağıyla ABD'ye gönderildi.
Millî İstihbarat Teşkilatı, Sabah gazetesinin bu haberi ile ilgili aynı gün içerisinde bir basın açıklaması yayınladı. Yapılan açıklamada MİT haberde yer alan belgelerin teşkilata ait olduğu doğrulamış, ancak Tuncay Güney'in o dönem itibarıyla şüpheli faaliyetlerinden dolayı dikkati çeken ve üzerinde çalışma yapılan bir kişi olduğundan kayıtlı bir haber kaynağı olmadığı ve Kontrterör merkezinin 1997'de lağvedidiği ve sorumluları ile birlikte kuruluş şemasından çıkarıldığı belirtmiştir.MİT daha sonra Ergenekon davasına bakan mahkemeye gönderdiği yazıda Tuncay Güney ile Tuncay Güney İpek'in aynı kişi olduğunu, bu kişinin zaman zaman İpek soyadını kullandığını ve kişinin nüfusa da Tuncay Güney olarak kayıtlı olduğunun bildirildiğini ifade ederek Güney'in MİT belgelerindeki kişinin Güney olduğunu doğruladı.
MİT Kontrterör Dairesi eski başkanı Mehmet Eymür kendi internet sitesinde Güney'i tanımadığını sonra da Tuncay Güney hiç bir istihbarat servisine üye olmadığını ileri sürmüştür.Kontrterör Daire Başkanı Mehmet Eymür Tuncay Güney'i tanımadığını söylese de Eymür, Ergenekon soruşturması sürecinde ortaya çıkan Güney hakkındaki MİT belgesininin içeriğini 2000 yılında internet sitesinde yayımladığı ve Güney'in ‘çift meslekli gazeteci’ olduğunu anlattığı ortaya çıktı. Eymür, Güney’i ‘Tunca’ kod adıyla nitelendirdiği yazısındada, o dönem ikinci meslekleri gazetecilik olan iki kişi arasındaki konuşmada JİTEM adına çalıştığını söyleyen Tunca, Susurluk’la bağlantılı özel tim mensuplarının bir düğünde Abdullah Çatlı ile beraber çekilmiş fotoğrafları basına kendisinin sattığını anlatıyor.Akşam gazetesinin o dönemki genel yayın yönetmeni Behiç Kılıç da "Güney, arşivden aldığı bir takım fotoğraflarla dönemin Başbakan'ı Mesut Yılmaz'ı Susurluk skandalının baş kahramanlarından Abdullah Çatlı'yla yan yana gösteren bir fotomontaj olayına karıştığını ve Yılmaz'a muhalif bir milletvekiline sattığını söylemektedir. Ergenekon davasının 32. duruşmasında Strateji dergisinde bir dönem Güney ile beraber çalışan Ümit Oğuztan, Güney’in radikal sağ ve PKK yandaşı gruplar ile cemaat yapılanmalarına girip çıkan bir muhabir olduğunu öne sürmüş, “Bir keresinde dergide oturuyordu, bir telefon geldi, yüzü kireç gibi oldu. Ne olduğunu sordum. ‘Mehmet Eymür beni aradı, niye arıyor ki beni?’ diye cevap verdi” demiştir. Oğuztan ayrıca, Güney’in kendisine bir gay barda cellat lakaplı Muhsin Karger adında İranlı bir diplomatla ilişki kurduğunu, MİT’in de bundan haberdar olunca bu kişiyle ilgili bilgileri Eymür’ün adamlarına aktarmasının istendiğini anlattığını söyledi. Güney’in Tansu Çiller, Mehmet Ağar ve Necmettin Erbakan ile de sıkça görüştüğünü öne süren Oğuztan, Güney’in Susurluk sürecinde ifade verdiğini ve kendisine bu durumdan çok korktuğunu anlattığını belirtti. (Güney'in yakın ilişkide olduğu ve Türk basınında Cellat diye anılan Muhsin Karger Azad'ın, Uğur Mumcu ve Jak Kamhi suikastlarına karıştığı iddiası mahkeme kayıtlarına geçmiştir.)
Sabah'ın başlık kısmını yayınladığı belgenin tamamınıbir kaç hafta sonra Bugün gazetesi yayınladı. 7 Şubat 1997 tarihli ve 'çok gizli' ibareli belgeye göre Tuncay Güney'i izleyen birimler, temasları hakkında MİT'e kapsamlı bir rapor sundu. Sözkonusu belgeye göre Tuncay Güney MİT'te değil Veli Küçük'ün emrinde JİTEM'de çalışıyordu.
Ocak 2009'da savcı Zekeriya Öz, Kanada’da yaşamakta olan Tuncay Güney’e sorulmak üzere Kanada yetkili adli makamına 37 soru göndermiştir. 37 soru içerisinde Uğur Mumcu, Eşref Bitlis, Cem Ersever gibi kişilerin ölümleri, Özdemir Sabancı cinayeti, PKK, Hizbullah ve DHKP-C örgütleri ile Ergenekon'un bağlantılı olup olmadığına dair sorular yer alıyor.
Tuncay Güney'in 2001'deki sorgusu Ergenekon iddianamesinin delil klasörlerinde yer almış görüntülü kayıt altına alındığı da belirtilmişti. 14 Ocak 2009'da sanık avukatlarının talebiyle Tuncay Güney'in 2001'deki polis sorgusunun görüntüleri avukatlara dağıtıldı.