Sabah gazetesinin 26 Kaım 2008 tarihli haberine göre; Tuncay Güney 1990 yılında, MİT İstanbul Bölge Başkanı Galip Tuğcu tarafından MİT'e kazandırıldı. 1990'larda önce MİT'in Gerici Faaliyetler Şubesi'nde ardından İran Masası'nda çalıştı. Bu amaçla genç bir gazeteci olarak, Ortadoğu'daki liderlerle yüzyüze görüşmeler yaptı. Fakat, 1992 yılında MİT Tuncay Güney'in görevini değiştirdi. Kendisine JİTEM'in ve Ergenekon'un içine sızma görevi verilen Güney, ilk kez bu tarihte Ağrı'da görev yapan albay Veli Küçük ile tanıştı. 1996 ve 1997 yıllarında Susurluk skandalı ve 28 Şubat sürecinde elde ettiği önemli bilgileri, MİT'in çalışma merkezi olarak kullanılan Dolmabahçe Sarayı Harem Dairesi'ne götürdü.
Tuncay Güney'in bir dönem MİT le olan ilişkisi 2008 Kasım ayına kadar bilinmiyordu. Ergenekon davasının 16. duruşmasında mahkeme heyeti, MİT belgelerinde Tuncay Güney İpek olarak yer alan kişinin Tuncay Güney olup olmadığını Millî İstihbarat Teşkilatı'ndan sorulması kararı aldı. Bu karardan bir kaç gün sonra Sabah gazetesinin manşetinden "Tuncay Güney MİT'in İpek'iydi" başlıklı bir haber yayınlamasyla Tuncay Güney'in eski MİT mensubu olduğu iddiası ortaya atıldı.bu kişinin zaman zaman İpek soyadını kullandığını ve kişinin nüfusa da Tuncay Güney olarak kayıtlı olduğunun bildirildiğini ifade ederek Güney'in MİT belgelerindeki kişinin Güney olduğunu doğruladı. MİT daha sonra Ergenekon davasına bakan mahkeme gönderdiği yazıda Tuncay Güney ile Tuncay Güney İpek'in aynı kişi olduğunu,
Kontrterör Daire Başkanı Mehmet Eymür Tuncay Güney'i tanımadığını söylese de Eymür, Ergenekon soruşturması sürecinde ortaya çıkan Güney hakkındaki MİT belgesininin içeriğini 2000 yılında internet sitesinde yayımlamış ve Güney'im ‘çift meslekli gazeteci’ olduğunu anlatmıştı. Eymür, Güney’i ‘Tunca’ kod adıyla nitelendirdiği yazısındada, o dönem ikinci meslekleri gazetecilik olan iki kişi arasındaki konuşmada JİTEM adına çalıştığını söyleyen Tunca, Susurluk’la bağlantılı özel tim mensuplarının bir düğünde Abdullah Çatlı ile beraber çekilmiş fotoğrafları basına kendisinin sattığını anlatıyor. Akşam gazetesinin o dönemki genel yayın yönetmeni Behiç Kılıç da "Güney, arşivden aldığı bir takım fotoğraflarla dönemin Başbakan'ı Mesut Yılmaz'ı Susurluk skandalının baş kahramanlarından Abdullah Çatlı'yla yan yana gösteren bir fotomontaj olayına karıştığını ve Yılmaz'a muhalif bir milletvekiline sattığını söylemektedir.
Millî İstihbarat Teşkilatı, Güney ile ilgili bir basın açıklaması yayınladı. Yapılan açıklamada MİT haberde yer alan belgelerin teşkilata ait olduğu doğrulamış, ancak Tuncay Güney'in o dönem itibarıyla şüpheli faaliyetlerinden dolayı dikkati çeken ve üzerinde çalışma yapılan bir kişi olduğundan kayıtlı bir haber kaynağı olmadığı ve Kontrterör merkezinin 1997'de lağvedidiği ve sorumluları ile birlikte kuruluş şemasından çıkarıldığı belirtmiştir. Güney ise Sabah'ın haberi ve MİT'in açıklaması üzerine kendisine MİT elemanı olup olmadığının sorulduğunda "Konuşmak için erken olduğunu, konuşup MİT ile karşı karşıya gelmek istemediğini ve çalışmalarını MİT yasası gereği anlatmayı doğru bulmadığını söyledi.
Bir dönem MİT bünyesinde bir dönem görev yapan Mahir Kaynak, MİT'in açıklaması üzerine birilerinin davanın seyrini değiştirmek için Tuncay Güney'i aracı olarak kullandığı ve devlet organizasyonu haline getirmeye çalıştıklarını ileri sürdü. Sonuç olarak Mehmet Eymür kendi internet sitesinde Güney'i tanımadığını sonra da Tuncay Güney hiç bir istihbarat servisine üye olmadığını ileri sürmüştür.
Ergenekon davasının 32. duruşmasında Strateji dergisinde bir dönem Güney ile beraber çalışan Ümit Oğuztan, Güney’in radikal sağ ve PKK yandaşı gruplar ile cemaat yapılanmalarına girip çıkan bir muhabir olduğunu öne sürmüş, “Bir keresinde dergide oturuyordu, bir telefon geldi, yüzü kireç gibi oldu. Ne olduğunu sordum. ‘Mehmet Eymür beni aradı, niye arıyor ki beni?’ diye cevap verdi” demiştir. Oğuztan ayrıca, Güney’in kendisine bir gay barda cellat lakaplı Muhsin Karger adında İranlı bir diplomatla ilişki kurduğunu, MİT’in de bundan haberdar olunca bu kişiyle ilgili bilgileri Eymür’ün adamlarına aktarmasının istendiğini anlattığını söyledi. Güney’in Tansu Çiller, Mehmet Ağar ve Necmettin Erbakan ile de sıkça görüştüğünü öne süren Oğuztan, Güney’in Susurluk sürecinde ifade verdiğini ve kendisine bu durumdan çok korktuğunu anlattığını belirtti.