Gazeteci Fehmi Koru 30 Nisan ve 1 Mayıs 2001'de Yeni Şafak'taki köşesinde; eline geçen 24 sayfalık “Ergenekon: Analiz- Yeniden Yapılanma, Yönetim ve Geliştirme Projesi” başlıklı bir belgeden söz etmiştir. 29 Ekim 1999 tarihli olan ve "Bu çalışmanın amacı; Atatürk ilkeleri doğrultusunda biçimlendirilmiş, Kemalizm'in tek gerçek ve içtenlikli koruyucusu Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde faaliyet gösteren Ergenekon'un reorganizasyonuna katkıda bulunabilmektedir" diye başlayan bu belgede yeniden kurulması talep edilen Ergenekon adındaki bir gizli birimden bahsedilmektedir.
Fehmi Koru'ya en büyük tepki İşçi Partisi'nin yayın organı Aydınlık'tan gelmiştir. Hikmet Çiçek, 6 Mayıs 2001'de Aydınlık'ta yazdığı yazısında "CIA, SüperNATO ve MİT şeflerinin işbirliğiyle Orduyu yıpratma kampanyası her alanda sürdürülüyor. Psikolojik savaşta sözde dosyalar ve raporlar imal ediliyor. “Ergenekon” hikayeleri de bu tertibin bir parçası." diyerek Koru'ya sert tepki göstermiştir. MİT Kontrterör Dairesi eski başkanı Mehmet Eymür, kendi web sitesinde bu belgeyi konu aldığı yazısında Aydınlık'ın verdiği tepkinin "belgeyi bizzat Doğu Perinçek'in kaleme aldığı ve Ergenekon'un yeniden yapılanmasında önemli fonksiyonlar yüklendiği" söylentilerinin neden olmuş olabileceğini yazmıştır.Mehmet Eymür'ün 2001'deki bir yazısında İşçi Partisine ait olduğunu iddia ettiği derin ilişkileri deşifre etmesi ile bir dönem gündemden düşmeyen ve daha sonra kapatılan yeşil.org isimli internet sitesinde 2001 yılında “Müslüman mezarlığında Yahudi kanı” başlıklı bir yazıda Ergenekon oluşumundan bahsedildiği, Üzeyir Garih cinayetinin de bu örgüt tarafından işlendiğininin anlatıldığı ortaya çıkmıştır.