1 Mart 2001'de otomobil kaçakçılığı ile ilgili bir operasyonda Strateji dergisi genel yayın yönetmeni Ümit Oğuztan, haber koordinatörü Tuncay Güney ve Güney'in eniştesi Adem Taşdemir Emniyet Müdürlüğü Asayiş Şube Müdürlüğü tarafından gözaltına alındı. Bu gözaltının nedeni Timur Büyükölmez adlı bir vatandaşın, bir jeep alım satımıyla ilgili olarak Erdal Güventürk ve Orhan Sonuç adlarındaki iki polis tarafından dolandırıldığı iddiasıyla Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvurması sonucu yapılan incelemede kendilerini polis olarak tanıtan bu kişilerin Güney ve Adem Taşdemir olduğu ortaya çıkması. Bunun üzerine düzenlenen operasyonda, olaya karıştığı düşünülen kişiler gözaltına alınmıştır. Güney’in evinde yapılan aramada, 2 ruhsatsız tabanca, 36 fişek ve 115 sahte diploma, üzerinde Güney’in fotoğrafları olan sahte kimlikler ile pek çok farklı belge ele geçirildi. Sorgulamalar devam ederken, 6 Mart 2001’de Güney’le birlikte hareket ettiği ileri sürülen Teğmen Murat Oğuz’un evinde ve Hasdal Kışlasında bulunan birliğindeki odasında askeri savcı nezaretinde arama yapıldı ama suç delili sayılacak herhangi bir bulguya rastlanmadı. Aynı soruşturma kapsamında gözaltına alınan Ümit Oğuztan ile Güney’in ortak işyerlerinde yapılan aramada ise Güney'in evi ve iş yerinde yapılan aramalarda Ergenekon örgütü ile ilgili 6 çuval doküman bulundu. Önce Gayrettepe'deki Asayiş Şube Müdürlüğü'nde sorgulaması yapılan Tuncay Güney, birkaç gün sonra resmi kayıtlara göre "ifadesinde Susurluk olayı ve bir kısım organize suç örgütleriyle ilgili beyanda bulunduğunun tespiti üzerine" İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne teslim edildi. Güney, kendisini sorgulayan Organize Şube Müdürü Adil Serdar Saçan'a Ergenekon hakkında oldukça ayrıntılı bilgiler verdi.
Şüpheliler hakkında ‘dolandırıcılık’ suçundan dava açıldı. Ancak, Adil Serdar Saçan, Tuncay Güney'in sorgu kasetlerini Emniyet Genel Müdürlüğüne bildirmediği için Ergenekon ile ilgili belgeler hakkında hiç bir işlem yapılmamıştır.Güney, davada ablasının ödediği kefaletle serbest bırakıldı. Önce İstanbul 4 No’lu DGM’de başlayan, sonra İstanbul 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne gönderilen dava kapsamında Güney'in, ifadesi alınamadı. Süren dava nedeniyle kendisi hakkında yurtdışına çıkış yasağı olmasına rağmen ABD'ye gitti. Eski avukatı Aydın'ın verdiği bilgiye göre, davadaki şikayetçiler zararları tazmin edildiği için şikayetlerini geri çekti. Güney bu zararları ise, ablası ve Taksim'deki kendisine ait binanın satışıyla karşıladı. Otomobil dolandırıcılığı davası nedeniyle Güney hakkında 27 Ocak 2003’te “gıyabi tutuklama” kararı çıkarıldı. Ancak 2009 Şubat ayında dava zaman aşımına uğradı ve gıyabi tutuklama kararı da kaldırılmış oldu.
Adil Serdar Saçan, 2003'te Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü görevinden ayrıldıktan sonra işadamı Şevki Duyu'nun Gaziosmanpaşa'daki 'Duyu-San' adlı fabrikasında bomba yapımında kullanılan çok miktarda malzeme bulunduğu ihbarı yapıldı. 12 Aralık 2003'te Terörle Mücadele ekiplerinin fabrikaya yaptığı baskında Duyu-San şirketinin yanındaki Karadeniz Ekmek Fırını'nın altında çok sayıda resmi belge ile beraber İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü arşivlerinde olması gereken Tuncay Güney'in mülakat kasetleri ve Güney'in Ergenekon hakkındaki belgelerinden oluşan 6 çuvallık arşivi bulundu. Belgeler İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne geri verildi. Şube de kasetleri Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na iletti. Bu olayla ilgili Fatih 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Saçan, bu davada 5 ay hapis cezası almıştı.