Kokain satmak ve 20 adamıyla çete kurmak suçundan 2006 yılında tutuklanarak Kandıra F Tipi Cezaevi'ne gönderilen Engin Bağbars 27 Eylül 2006 ve daha sonrasında polis, savcılık ve mahkemeye verdiği ifadesinde Ergenekon ile ilgili bilgiler vermiştir. Bağbars, Hrant Dink suikastı dosyasına da giren ifadelerinde Danıştay saldırısı, rahip Andrea Santoro cinayeti, darbe planları, TÜSİAD üyelerine suikast planı kuran bir çeteden söz etmiştir. Bağbars'ın ifadesine göre, Gökhan Başoğlu isimli Trabzonlu ve cinayetten sabıkalı bir kişinin kendisini Muzaffer Tekin ile tanıştırdı. Başoğlu, Bağbars'a, kendilerinin çok güçlü olduklarını, Alaattin Çakıcı'nın yerine geçeceğini, oluşumun içerisinde emniyet, askeriye ve MİT'ten kişiler olduğunu, sürekli olarak tanıdıkları bazı kişilerin Emniyet Müdürü olarak atanacağını ve İstanbul'da kelle koparacaklarını anlatmıştır.
Engin Bağbars tutuklanmadan önce Muzaffer Tekin’in adamları olan Gökhan Başoğlu ve Sarı Levent adlı bir kişinin kendisiyle Beykoz Kaymakdonduran Mevkii’nde buluştuğunu söylemiştir. Kendisine Kaleşnikof marka bir silah ve yanında mermi verdiklerini söyleyen Bağbars, kendisinden zamanı gelince TÜSİAD yöneticilerine eylem yapmasını ve eyleme İslamcı örgüt süsü vermesini istendiğini savunmuştur.