2007 Haziran'ında Trabzon İl Jandarma Komutanlığı’nın 156 no’lu hattını gizli numaradan arayan bir kişi Ümraniye Çakmak Mahallesi Muhtarlığı karşısındaki tek katlı binanın çatısında el bombası ve C-4 patlayıcı madde bulunduğunu, bu maddeyi Mehmet Demirtaş’ın sakladığı, patlayıcıları bir astsubayın temin ettiğini ihbar etti. İhbar önce İstanbul Jandarma Komutanlığı’na, ardından da İl Emniyet Müdürlüğü’ne iletildi. Emniyet, ihbarda verilen adresi 12 Haziran 2007’de tespit etti. Aynı gün Ümraniye 2. Sulh Ceza Mahkemesinden arama kararı alınıp gecekonduya gidildi. Düzenlenen operasyonda savunma ve taaruz tipi 27 adet el bombası, TNT kalıpları ve fünyeleri bulundu.
Gecekondu sahibinin Mehmet Demirtaş ve evde daha önceden kiracı olarak oturduğu anlaşılan yeğeni Ali Yiğit'in ifadeleri üzerine el bombalarının eski astsubay Oktay Yıldırım'a ait olduğu anlaşılınca Yıldırım da tutuklandı. Daha sonra da bombaların Mayıs 2006'da Cumhuriyet'e atılanla aynı seride olduğu anlaşıldı. Soruşturma özel yetkili savcı Zekeriya Öz'e devredildi.
Şüpheliler İstanbul Emniyet’inde sorgulandı. Mehmet Demirtaş, susma hakkını kullanırken, Oktay Yıldırım kendisine yöneltilen suçlamaları reddetti. Demirtaş'ın yeğeni Ali Yiğit ise bombaların Oktay Yıldırım’a ait olduğunu, kendisinin bu evde geçici olarak ikamet ettiğini söyledi. Yiğit'in ifadesine göre; kendisi LPG istasyonu işleten dayısının teklifiyle Ümraniye’ye gelmiş, dayısının manavını işletmeye başlamıştı. Manava bazen dayısının arkadaşları da uğruyordu. Bu arkadaşlardan birisi de dayısının askerlikteki komutanı olan Oktay Yıldırım’dı. Emekli Astsubay Yıldırım ile Demirtaş ile baş başa konuşuyor, Yiğit geldiğinde konuşmayı kesiyorlardı. Ali Yiğit ifadesinde; bir gün dayısına “Kuvayi Milliye nedir” diye sorduğunda ondan Kuvayi Milliye’nin devletin çıkarlarını koruyan bir dernek olduğunu, devleti yönetenlerin gerçek yönetici olmadığını ve devlet içerisinde başka şöylerin döndüğü yanıtını aldığını söylemiştir. Yiğit ayrıca, bir gün emekli astsubay Mahmut Öztürk ve 2006'da Danıştay saldırısıMuzaffer Tekin'in siyah bir mercedesle dükkânın önünde durduğunu ancak dikkatlice bakıp uzaklaştığını da iddia etmiştir. Yine Yiğit'in ifadesine göre; yaklaşık üç dört ay sonra babası Şevki Yiğit, bir gün evin çatısında tahta ararken bomba dolu sandığı bulmuştur. Bombalar kendisine sorulunca Mehmet Demirtaş'a bombaları Oktay Yıldırım'ın getirdiğini 1,5 yıldır çatıda durduğunu söylemiş ve Yiğit'i "Çatıda askeri sandık ve içinde el bombaları var. Malzemelere bir şey olursa başımız belaya girer, kimseye bahsetme, seni de alırlar." diye uyarmıştır.Babasının ısrarla ihbar etmesini istemesine rağmen Ali Yiğit korktuğunu ve ihbar etmediğini söylemiştir. Ergenekon davasında suçu bildirmeme suçlamasıyla yargılanan Ali Yiğit'in 1 yıl hapsi isteniyor. nedeniyle tutuklanıp daha sonra serbest bırakılan emekli yüzbaşı
Tutuklanan, Yıldırım'ı Emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin savundu. Tekin, gazetecilere, bombaların hurda olduğunu, Yıldırım tarafından Hasdal Çöplüğü’ndne toplanmış olabileceğini söyledi. Daha sonra bombaların bulunduğu bantlar üzerinde Yıldırım’ın parmak izi bulundu. Arkadaşını savunan Tekin birkaç gün sonra emekli astsubay Mahmut Öztürk ile birlikte gözaltına alındı. Evinde ve işyerindeki aramalarda, Ergenekon örgütü ile ilgili belgelere rastlandı. 23 Haziran gününe dek devam eden operasyonlarda Gazi Güder, gazeteci Ayşe Asuman Özdemir, Muzaffer Şenocak, Halil Behiç Gürcihan, Aydın Yüksek, İsmail Eksik, Emekli binbaşı Zekeriya Öztürk ile Öztürk'ün finansörü olduğu iddia edilen Kuddusi Okkır’ın da aralarında bulunduğu 15 kişi gözaltına alındı.
Muzaffer Tekin’in evinde yapılan aramada bilgisayarında, kamuoyunda “kırmızı kitap” olarak da bilinen devletin en gizli belgesi olarak kabul edilen Millî Güvenlik Siyaset Belgesi’nin bir örneği çıktı. Bir iddiaya göre, emniyet ve savcılık, Tekin'e belgeyi kimden aldığını sorduğunda “Şamil’den aldım” cevabını aldı. Tekin’e yaptığı telefon görüşmesi kayıtları ve diğer şüphelilerin ifadeleri “Şamil” adlı kişinin Fikret Emek olduğunu işaret etti. Böylece soruşturmanın ikinci dalgası başladı. Emek 26 Haziran günü Eskişehir’de gözaltına alındı. Fikret Emek'in evinde 11 kilo C-3 tipi plastik patlayıcı, 1 adet kanas tipi dürbünlü tüfek, 1 adet kalaşnikof otomatik tüfek, 1 adet av tüfeği, M-16 mermileri, 10 adet Makine ve Kimya Endüstrisi Kurumu yapımı savunma ve taarruz tipi el bombası, 2 adet MKE yapımı olmayan el bombası, gaz bombası, sis bombaları, 210’ar gramlık 12 TNT düzeneği, 6 adet yarımşar kiloluk TNT kalıbı, 1 adet 1,5 kilogramlık TNT kalıbı, 1 kilogramlık tahrip kalıbı, naylon torbada ateşleme mühimmatı. 11 kilo C-3 tipi plastik patlayıcı bulundu. Emek’in evinde bulunan 11 Kg. C-3 tipi plastik patlayıcının tahrip gücü 12 katlı ve her katı en az 400 metrekare büyüklüğünde olan betonarme bir yapıyı sıfırlayabilmeye yetmektedir.Emek'ten ele geçirilen el bombalarından birisinin hem fünye numarası hem kafile numarası, Cumhuriyet gazetesine 5 ve 11 Mayıs 2006’da atılan el bombalarının numarasıyla birebir aynıydı.MKE, Cumhuriyet’e atılan el bombalarının Aralık 1977 ayında Kara Kuvvetleri Komutanlığı’na sattığını açıklamıştı. Fikret Emek’te de aynı tarih ve seri numaralı bombaların çıkması, Danıştay ve Cumhuriyet gazetesine yönelik saldırıları Ergenekon örgütünün azmettirdiği yolundaki iddiaları önemli ölçüde artırsa da kesinlik kazandırmıyor. Çünkü, MKE’nin tek kafilede sattığı el bombaları TSK'da çok farklı birimlere dağıtılabiliyor. Tekzip edlmeyen haberlere göre, evde silah ve mühimmatların yanı sıra, Genelkurmay Başkanlığı’nın bulunduğu Eskişehir yolu üzerindeki tüp geçidin havaya uçurulmasına yönelik bir plan, Kuzey Irak’a yapılacak hava harekâtına ilişkin “gizli” damgalı planlar, Özel Harp Yıllığı, çok sayıda kaymakam, belediye başkanı, esnaf, avukat ve imam hakkında bilgi fişleri TSK’da aktif görevde olan 359 subaya ait sicil, rütbe ve nüfus kaydı bilgileri bulundu