Ergenekon soruşturması kapsamında 6 ilde eşzamanlı olarak düzenlenen operasyonlarda 40'a yakın kişi gözaltına alındı. Gözaltına alınanların arasında yazar Yalçın Küçük, Yüksek Öğretim Kurulu eski başkanı Kemal Gürüz, Milli Güvenlik Kurulu eski Genel Sekreteri Org. Tuncer Kılınç, eski Özel Harekat Daire başkanvekili İbrahim Şahin Genelkurmay eski Hukuk Müşaviri emekli Tümgeneral Erdal Şenel, emekli Orgeneral Kemal Yavuz, Bağımsız Cumhuriyet Partisi Genel Başkan Yardımcısı ve gazeteci Engin Aydın ve Bedrettin Dalan’ın oğlu Barış Dalan da bulunuyor. Ayrıca eski Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Sabih Kanadoğlu'nun evinde ve Bedrettin Dalan'a ait Yeditepe Üniversitesi ile İstek Vakfı'nda arama yapıldı.
Yarbay Mustafa Dönmez'in Sakarya'nın Sapanca ilçesindeki yazlığında yapılan aramada 22 adet el bombası, 6 adet tabanca, 2100 adet Kaleşnikof mermisi, 8 adet Kaleşnikof şarjörü, 2 adet av tüfegi, 1 adet Mısır yapımı makineli tüfek, 3 adet el dürbünü (1’i Kanas dürbünü olabilir, 1’i sahra dürbünü), Bol miktarda çeşitli çaplarda mermi,1 adet Somtel marka elektronik kalaylı taşıt tesisat kablosuna (bomba imalatında kullanılabilen yaklaşık 15 metre civarında) rastlandı. Sorgusu yapılan 4 muvazzaf subay terör örgütüne üye olmak suçlaması ile tutuklandı.
Gözaltına alınanlardan Kemal Yavuz, Tuncer Kılınç Kemal Gürüz ve Barış Dalan serbest bırakılırken Yalçın Küçük tutuklandıktan iki hafta sonra serbest bırakıldı. İbrahim Şahin ise tutklanarak cezaevine konuldu.
Muvazzaf yarbay Mustafa Dönmez ve Özel Harekat Dairesi eski Başkanvekili İbrahim Şahin'in evinden ele geçirilen krokiler üzerine yurdun çeşitli yerlerinde kazılar yapılmıştır. Ankara Gölbaşı'nda yapılan kazı çalışmalarında 2 adet lav silahı, 10 adet el bombası fünye grubu, 820 gram plastik patlayıcı, 210 cm saniyeli fitil, 8 metre infilaklı fitil, 1 adet dolu el bombası gövdesi, 4 adet hakem bombası, 1 adet antipersonel tüfek bombası, 21 adet sis bombası ve kutusu, 2 adet gösteri el bombası bulunurken, Atatürk Orman Çiftliği, Saklıbahçe mesirelik alanı, Mamak, Bala, Emek, Beştepe ve Hatay'ın Kumlu ilçesindeki kazılarda herhengi bir bulguya rastlanmadı. Ergenekon'un ikinci cephaneliğine Sincan'da ulaşıldı. 7 Ocak operasyonundan 5 gün sonra yakalanan muvazzaf Yarbay Mustafa Dönmez’in evinde bulunan kroki üzerine Ankara’nın Sincan ilçesine bağlı Yenikent beldesindeki Zir Vadisi’nde yapılan aramalarda, 2 adet taarruz tipi el bombası, 10 adet el bombası gövdesi, 10 adet el bombası ateşleme mekanizması, 12 adet tüfek bombası, 18 adet parça dilim el bombası gövdesi, 12 adet bubi tuzaklı bomba, 12 adet bubi tuzaklı bombaya ait ateşleme mekanizması, 9 adet göz yaşartıcı bomba 6 adet gösteri bombası, 800 adet G3 mermisi bulundu.
22 Ocak 2009'da Ankara, İstanbul ve Bursa başta olmak üzere çok sayıda ilde yapılan operasyonlarda muvazzaf subaylar ve polislerinde aralarında bulunduğu birçok kişi gözaltına alındı,sendika ve kanallarında aralarında bulunduğu birçok yerde de aramalar yapıldı. Kahramanmaraş'ta üç özel harekat polisi, Şırnak'ta bir üsteğmen, Tokat'ta bir özel harekat polisi, Antalya'da bir emniyet amiri bir polis memuru gözaltına alındı.Isparta'da ifade vermesi için çeğırılan bir subaydan ise haber alınamadı. Gözaltına alınan 20’yi aşkın muvazzaf polis ve subayın Susurluk davası sanığı İbrahim Şahin’le bağlantısı olduğu belirtiliyor. Operasyon Ankara, İstanbul, Antalya, Elazığ, Iğdır, Şanlıurfa, Şırnak, Maraş, Hakkari, Tokat, Hatay, Siirt, Bursa illerinde sürdürüldü.
Terörle mücadele ekipleri sabah 07:30'da Avrasya TV binasında arama çalışmalarına başladı.Bazı kişiler gözaltına alındı.Tüm dökümanlar ve bilgisayarlar incelendi.Bilgisayarların sabit disklerinin kopyaları ekiplerce alındı.
Türk-Metal Sendikası'ndaki de aramalar 07:30'da başladı.Burada da bazı dökümanlara el kondu.Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek ile Erhan Göksel'in de aralarında bulunduğu 6 kişi gözaltına alındı.Türk Metal Sendikası Başkanı Mustafa Özbek'le yakın ilişkisi olduğu belirtilen bir kişinin Bursa'daki evinde arama başlatıldı. Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek'in de evinde arama yapıldı.Bu operasyonda gözaltına alınan Erhan Göksel tutuklandı, Mustafa Özbek tutuklanarak cezaevine konuldu.