Türk Silahlı Kuvvetlerinin komuta kademesine ulaşan ilk operasyon 1 Temmuz 2008'de 5 ilde eşzamanlı olarak yürütülen 6. dalga idi. Bu operasyonda Emekli Jandarma Genel Komutanı, Org. Şener Eruygur, Emekli 1. Ordu Komutanı Org. Hurşit Tolon, emekli albayHasan Atilla Uğur Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay, Ankara Ticaret Odası Başkanı Sinan Aygün, gazeteci ve akademisyen Erol Mütercimler'in de bulunduğu 21 kişi gözaltına alındı. Bu operasyonda gözaltına alınan Şener Eruygur, Hurşit Tolon, Hasan Atilla Uğur ve Sinan Aygün tutuklanmış, Mustafa Balbay'ın da aralarında bulunduğu bazı kişiler serbest bırakılmıştır. Sinan Aygün bir süre sonra tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılırken, Tolon ve Eruygur bir kaç sonra sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. Hakkında yakalama emri çıkarılan AK Parti eski Milletvekili Turhan Çömez ve Emekli Tuğgeneral Levent Ersöz operasyondan önce yurtdışına çıkmıştır. Çömez hâlâ yurtdışında, Ersöz ise 15 Ocak 2009 Ankara’da yakalanmıştır. Temmuz ayında savcılık tarafından serbest bırakılan Mustafa Balbay Mart 2009'da bilgisayarındaki şifreli bilgilerin çözümlenmesinden sonra tekrar savcılığa çağrılıp tutuklandı.
2008'in Temmuz-Eylül ayları arasında soruşturma kapsamında küçük çaplı bir kaç operasyon düzenlendi. Gözaltına alınanlara arasında televizyoncu Tuncay Özkan, JİTEM'in kurucusu olduğu iddia edilen albay Arif Doğan, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, Ülkü Ocakları eski Başkanı Levent Temiz, beş teğmen ve bir askerî öğrenci ve bazı İşçi Partisi ve Biz kaç kişiyiz hareketi yetkilileri de bulunuyor. Bu operasyonlardan 18 Eylül'dekinde soruşturmada ilk defa muvazzaf subayların tutuklanmış oldu. Bu subaylardan biri de Ankara’daki bir birlikte görev yapan karacı Teğmen Mehmet Ali Çelebiidi. Mehmet Ali Çelebi 2006-2007 eğitim döneminde dördüncülükle mezun olmuş, diplomasını dönemin Genelkurmay başkanı olan Yaşar Büyükanıt’tan almıştı. 14 Temmuz 2008'de Ankara’da gözaltına alınan ve faili meçhul bir cinayetle öldürülen Binbaşı Cem Ersever’in yakın arkadaşı olan emekli albay Arif Doğan’ın depo olarak kullandığı İstanbul Beykoz’daki bir evde yapılan aramalarda ise çok sayıda gizli olduğu ileri sürülen belgeler, 2 kaleşnikof marka tüfek, bin adet mermi ve bin boş kovan ile 280 adet el bombası bulundu.Doğan; depoda bulunan mühimmatın Cem Ersever'e ait olduğunu söyledi.