İddanameye göre; Ergenekon örgütü üyeleri 2003-2004 yıllarında mevcut hükumeti silah zoru ile devirip antidemokratik yollarla devlet idaresini ele geçirmeyi planlamış ve bu çerçevede Sarıkız, Ayışığı, Yakamoz ve Eldiven kod adlı darbe planları hazırlamışlardır.Bu planlardan ilk üçü 2007 Mart ayında Nokta dergisinin eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek'e ait olduğu iddia edilen günlükleri yayınlamasıyla diğeri de 7 Temmuz 2008 tarihinde Taraf gazetesinin manşetten verdiği haberde 1 Temmuz'da gözaltına alınan Atatürkçü Düşünce Derneği başkanı emekli orgeneral Şener Eruygur'un evrak çantasında bulunan bazı belgeleri kamuoyuyla paylaşması sonucu ortaya çıkmıştı. Nokta dergisi, daha sonra Özden Örnek'in bilgisayarından çıktığı emniyetin yaptığı teknik inceleme sonucu kesinleşecek olan"darbe günlükleri"ni yayınladığı için askerî mahkeme kararıyla basılmış, dergi bu olayların ardından imtiyaz sahibi tarafından kapatılmıştı.
Sarıkız kod adlı darbe planında, basının ele geçirilmesi, üniversite öğrencilerinin sokağa dökülmesi, sendikalarla birlikte hareket edilmesi, sokaklara afiş asılması, dernekler ile temasa geçip hükumet aleyhine teşvik edilmesi ve tüm bu olayların yurt çapında gerçekleştirilmesinin hedeflenmiştir. İddianamede bu planı dönemin Jandarma Genel Komutanı Şener Eruygur, Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman, Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek ve Hava Kuvvetleri Komutanı İbrahim Fırtına tarafından hazırlanmış olabileceği değerlendirilmektedir.KubilayKemal Alemdaroğlu ve YÖK Başkanı Kemal Gürüz’ün de katıldığı mitingde üniversite öğrencileri “Ordu Göreve” pankartları açmıştır. Ankara Emniyet Müdürlüğü görevlilerince düzenlenen tutanaklarda bu öğrencilerden bir kısmının Alemdaroğlu'nun rektörü olduğu İstanbul Üniversitesi öğrencileri olduğu görülmüştür. Soruşturma kapsamında elde edilen delillerden bu planın da hayata geçirildiği, plan gereği Jandarma Genel Komutanlığında rektörlerle bir toplantı düzenlendiği, bu toplantıda hükümetin icraatları ve irtica ile ilgili konuların konuşulduğu, toplantı sırasında 15-20 rektörün olmaya hazır olduklarını söylendiği ve 25 Ekim günü rektörler ve öğretim görevlilerinin Anıtkabir'e gitmesinin kararlaştırıldığı tespit edilmiştir. Toplantıda alınan bu karar gereği, 25 Ekim 2003 günü Ankara Üniversitesi rektörlüğü ve Atatürkçü Düşünce Derneği “Cumhuriyete Saygı” mitingi adı altında toplantı ve gösteri yürüyüşü düzenlemiş ve bu yürüyüşe, Türkiye’nin dört bir yanından gelen rektörler, üniversite öğretim üyeleri, öğrenciler ve binlerce vatandaş katılarak Anıtkabire yürümüşlerdir. Dönemin İstanbul Üniversitesi rektörü
İddianameye göre, Sarıkız darbe planı çerçevesinde sivil toplum kuruluşları ve medya ile de temas kurulmaya çalışılmıştır. Özden Örnek’in günlüklerinde M.Ö olarak kodladığı Mustafa Özkan ile gerekli görüşmeleri yaptığı, bu görüşmelerde İstanbul da ki siyasi gelişmeler ve Doğan Medya Grubu başkanı Aydın Doğan’la ilgili bilgiler aldığı, ayrıca basının desteğine ihtiyaçlarının olduğunu anlattığı, sonrasında medya patronlarından Aydın Doğan ile görüşme yaptıkları ve kendisine gerekli mesajları verdikleri, diğer taraftan o dönemde Karamehmet grubundan ayrılan Tuncay Özkan’la görüştükleri ve İstanbul TV’yi alması konusunda gerekli desteği verdikleri, bunların yanı sıra Rahmi Koç ile görüştükleri ileri sürülmüştür.[128] Plan kapsamında Tuncay Özkan’ın tekrar Karamehmet grubunda çalışması için Mehmet Emin Karamehmet ile görüşüldüğü, bu görüşmenin kayda alındığı ve taleplerinin Şener Eruygur’dan geldiğini söyleyerek baskı uygulandığı, yine bir medya kuruluşunun sahibi olan Cem Uzan ile temas kurulduğu, kendi planları doğrultusunda yayın yapılması ve AKP'de bulunan bazı milletvekillerinin ayrılmasının sağlanması amacıyla telkin ve yönlendirmede bulundukları, ayrıca iddianamede "örgütün stratejisi doğrultusunda yayın yapan medya organı" olarak nitelendirilen Cumhuriyet gazetesinin tirajının artırılmasını ve böylece kamuoyunda daha etkin hale getirilmesinin sağlamak amacıyla Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde dağıtım ve satışının sağlanması işini organize etmeye çalışıldığı iddia edilmiştir.
İkinci darbe teşebbüsü Ayışığı'nın ilk aşaması Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün emekliye ayrılması veya etkisiz/yetkisiz hâle getirilmesini amaçlamaktadır. Bunun için sırasıyla; Kuvvet Komutanlarının yapacağı açıklamaların metinlerinin hazırlanması, darbeye katılacakların ve karşı olanların belirlenmesi, katılacaklarla temas edilmesi, karşı olanların ise saf dışı edilmelerinin planlanması, darbeye karşı olan bazı kişilere vaatlerde bulunulması, darbeye soğuk bakan dönemin 1.Ordu Komutanı Yaşar Büyükanıt ve 2. Ordu Komutanı Fevzi Türker’in oldu bitti ile hareketsiz ve yetkisiz bırakılması planlanmıştır. Şener Eruygur'un bilgisyarında bulunan bir dosyada Yaşar Büyükanıt'a ait sağlık raporları, kullandığı ilaçlar, ailevi bilgiler, dostlarıyla ilgili kişisel bilgiler bulunduğu belirtilmiştir. Örnek'in günlüklerinde “10 ve 16 Ekim 2004” başlıklı not içerisinde, Ayışığı darbesi ve Büyükanıt'ın etkisiz bırakılması ile ilgili şu cümleler yer almaktadır.
“Öğleden sonra Kara Kuvvetleri Komutanı geldi. Önce Filiz ile yalnız konuştuk. Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Şener Eruygur’un bir şeyler karıştırıp durduğunu anlatan Aytaç Paşa'nın neler söylemek istediğini şimdi daha iyi anladım. Yaşar'ı zehirlemeye kadar varan planlar hazırlanmış. Tabi aynı zamanda internette okuduğumuz Yaşarların 3 villa sahibi oldukları, İmar bakasından para çektikleri, Sevil'le beraber asker işi yaptıkları gibi konularında bu gurup tarafından yapıldığını tespit etmişler.”
“..Esas konu böyle açılınca konuşmaya başladık. Daha çok o konuştu. “Şenere bizden habersiz darbe planı hazırlatmış. Adıda “Ay Işığı” Darbede kimin başkan olacağı belli değil. Hepimize davranışlarımıza göre bir kod adı vermiş. Havacı (Org. İbrahim Fırtına) ona destek verdiği için o anlamda bizler ise sana karşıt anlamda, bana da belli değil anlamda kodlar vermiş. Bu plan Gb’nin (Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök) elinde olduğu gibi içlerinden bir tarafından sızdırıldığı için MIT ve hükumetinde elinde varmış. Ikinci bir planda ise senle ben gösterilmiyoruz, sadece havacı var.”
Ayışığı kapsamında Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman ile irtibat elemanı bulunması, Kuvvet Komutanlarının arka arkaya hükûmet aleyhinde sert açıklamalar yapması, “emekli Generaller, diğer subayların ve darbe ile koordineli hareket eden sivillerin Başbakan Erdoğan ve Genelkurmay Başkanı Özkök’ü hedef alan açıklamalar yapmaları, TSK içerisindeki generallerin Genelkurmay Başkanına açık ve imzalı mektup yazması, TSK içerisindeki alt hiyerarşik yapının da yoğun mektup, faks ve e-posta ile tepkilerini dile getirmesi planlandığı öne sürülmüştür. Bu bilgiyi doğrula nitelikte olan bazı gazete manşetleri iddianameye girmiştir: "Komutandan Sert Uyarı", "YAŞ'ta Muhtıra gibi sözler", "Başbakan Erdoğan Uyarıldı", "Muhtıra gibi", "Ordu Millet İşbiriliğiyle Hesap Sorulur", "Paşalardan Uyarı", "Komutanlar Sert Çıktı", "AKP iktidarını Yıkma Çağrısı", "Eruygur Paşa Sert Konuştu", "Komutanların Son İhtarı", "Ordudan AKP İktidarına Balyoz"
Ayışığı planının ikinci aşaması azami sayıda milletvekilinin Recep Tayyip Erdoğan'ı terk etmesini amaçlamaktadır. Bunu için AK Parti içerisindeki milletvekillerinin analiz edilerek gruplandırılması, bu gruplarla temas kurularak organize edilmesi, grupların liderlerinin belirlenmesi,ve ayrılan milletvekillerinin dağılmadan yeni bir grup kurmalarının sağlanması planlanmıştır. İddianamede; Ergün Poyraz, İsmail Yıldız, Şener Erugur ve Hurşit Tolon’dan ele geçirilen dijital verilerde AKP milletvekilleri ve bakanları ile ilgili çok sayıda ve değişik kategorilerde kişisel verilerin hukuka aykırı olarak kaydedildiği, hatta bu kayıtlardan birisinde tüm AKP’li milletvekillerinin isimlerinin karşısındaki diğer bilgilerin yanı sıra partiden kopup kopamayacağının belirtilerek fişlendiği iddia edilmiştir.
İddianameye göre, Yakamoz kod adlı darbe planı Ayışığı planı gerçekleştikten sonra TSK, sivil idare ve dış dünyayla ilişkilerin yeniden düzenlenmesini içermektedir. Bu kapsamda "Ayışığı"nda hedeflenen Yaşar Büyükanıt ve Fevzi Türkeri'nin etkisiz bırakılması sonrasında yerine geçecek korgeneralerin de belirlendiği ve şüphelilerden ele geçirilen dökümanlarda bir çok vali kaymakam belediye başkanı, emniyet müdürü hakkında fişleme faaliyetlerinin yapıldığının anlaşıldığı belirtilmiştir.
İddianamedeki dördüncü darbe planı olan "Eldiven"in Org. Şener Eruygur tarafından hazırlandığı belirtilmiştir. Eldiven darbe planında genel olarak Ayışığı ve Yakamoz darbe planları başarılı bir şekilde gerçekleştirildikten sonra yapılması gerekenlerin planlandığı görülmektedir.