5, 10 ve 11 Mayıs 2006 tarihlerindeki Şişli'de bulunan Cumhuriyet Gazetesi merkezine el bombası atılması, 17 Mayıs 2006 günü Danıştay 2. Dairesine yönelik gerçekleştirilen silahlı saldırı sonucu Danıştay üyesi Mustafa Yücel Özbilgin'in öldürülmesi ve 4 üyenin yaralanması eylemlerini Ergenekon örgütünce gerçekleştirildiği belirtilen iddianamede, tetikçi Alparslan Arslan’a bu iki saldırının emrinin, Zafer kod adlı emekli yüzbaşı Muzaffer Tekin ve emekli Tuğgenenal Veli Küçük tarafından verildiği öne sürüldü. Cumhuriyet Gazetesi’ne atılan 3 el bombasının da Eskişehir’de Binbaşı Fikret Emek’ten ele geçirilen bombalardan olduğu, ancak Ümraniye’de yakalanan bombaların nerelerde kullanılacağının belirnemediği belirtildi.
Danıştay cinayeti nedeniyle mahkum olan Osman Yıldırım alınan ifadesinde özetle, 30 Nisan 2006 günü Ataşehir Migros önünde Alparslan Arslan'la buluştuğunu ve birlikte bir villaya gittiğini, villada Muzaffer Tekin, Alparslan Arslan, Oktay Yıldırım ile birlikte kendisinin tanımadığı 10-15 şahsın olduğunu, burada Muzaffer Tekin'in 3 adet el bombası vererek 500 Bin dolar karşılığında Cumhuriyet gazetesinin bombalanmasını istediğini, kendisinin de bunu kabul ederek yanındaki adamları ile olayı gerçekleştirdiğini beyan etmiştir.
İddianamede Danıştay saldırganı Alparslan Arslan'ın telefon trafiğine de dikkat çekildi. Arslan'ın Muzaffer Tekin ve Ertuğrul Yılmaz ile irtibatlı olduğu bilinen Ayhan Parlak’la 108 kez, Sedat Peker’in liderliğini yaptığı suç örgütü üyesi olduğu iddia edilen ‘Kelebek İbrahim’ lakaplı İbrahim Cingi’yle 94 kez, Muzaffer Tekin ile 35 kez görüştüğü belirlendi. Bu kadar telefon görüşmesinin aralarında bağlantının tanışıklıktan öteye geçtiğini gösterdiği gibi, bu tarihten sonra görüşmelerin kesilmesi hayatın olağan akışına uygun olmadığı savunuldu.
Osman Yıldırım ayrıca, 18 Eylül 2008 tarihinde Ankara 12. Asliye Ceza Mahkemesi’ne ilettiği 6 sayfalık mektubunda; Ergenekon'un Cumhuriyet'e bomba atma işini kendisine, suikast işlerini de Alparslan Arslan'a, Atabeyler'e verdiği itirafında bulunmuştur.