İddianamede, Yargıtay görevlileri, Yaşar Büyükanıt, Recep Tayyip Erdoğan, Yeni Şafak gazetesi yazarı Fehmi Koru Nobel Edebiyat ödüllü yazar Orhan Pamuk, Diyarbakır Büyükşehir Belediye başkanı Osman Baydemir, DTP genel başkanı Ahmet Türk ve milletvekili Sebahat Tuncel'e yönelik olduğu iddia edilen suikast planları ile ilgili bilgiler yer aldı.
7 Ocak 2009'da gözaltına alınan İbrahim Şahin'in evinde yapılan aramalarda Ermeni Patriği II. Mesrob, Alevi Bektaşi Federasyonu Başkanı Ali Balkız, Genel Sekreteri Kazım Genç'e yönelik suikast planları ve Ankara'da Optimum Alışveriş Merkezi'ne bombalı saldırı planı bulunmuştur.
İşçi Partisi Ankara Genel Merkez binasında yapılan aramada ele geçirilen bir CD'nin yapılan incelemesinde "YARGITAY" isimli PDF dosyasında binanın bölümlerini gösterir şekiller olan elle çizilmiş basit bir kroki bulunmuş ve Yargıtay görevlilerine suikast hazırlığı yapıldığı iddia edilmiştir. İddianamede 2006 yılında başörtüsü kararını bahane ederek Danıştay 2. Dairesi yargıçlarına yapılan silahlı saldırının arkasından, iktidar partisinin kapatılması için Anayasa Mahkemesi’ne başvuran Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı’na yönelik böyle bir çalışmanın yapılmasının Ergenekon'un amaçlarına ulaşmak için her yolu mübah gören anlayışına uygun düştüğü savunulmuştur.
İddianamede Ergenekon’un 2005 yılında dönemin Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt'a suikast hazırlığı yaptığı ileri sürüldü. Orgeneral Büyükanıt’ın koruma planının tamamının İşçi Partisi’nde ele geçirilen belgeler arasında olduğu belirtilen iddianamede ele geçirilen dosyalarda GATA komutanlarının fotoğraflarının bulunmuştur. İddianamede Büyükanıt’a yönelik suikast planı hakkında, “İşçi Partisi Genel Merkezi’nde yapılan aramada, girişin karşısındaki sekreter odasının sağ tarafında bulunan masa üzerinde çok sayıda CD bulunarak, el konulmuştur. Dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı Yaşar Büyükanıt’ın koruma planı başlıklı çizelge şeklinde yazı olduğu, içeriğinde Yaşar Büyükanıt’ın belirtilen tarihte İzmir ve Balıkesir’deki yapacağı ziyaretlerdeki koruma planı olduğu anlaşılmıştır. Söz konusu belgenin şüphelilerden Doğu Perinçek’e, ne şekilde temin ettiği hangi amaçla sağladığı bu planlara başka kimselere verip vermediği sorulduğunda, ‘Böyle kanun dışı saçma sapan vatanı ve millete ihanet anlamı taşıyan işlerle bizim işimiz olmaz. Genelkurmay Başkanı, Emniyet Müdür, MİT Müsteşarı bilir’ demiştir” denildi.
İddianamede, Ergenekon’la irtibatlı olduğu belirtilen Semih Tufan Gülaltay liderliğindeki Türk İntikam Tugayı’nın Başbakan Erdoğan’a yönelik suikast hazırlığında olduğu anlatıldı. İddianameye göre; 22 Ocak 2008 tarihinde yapılan operasyondan kısa bir süre sonra Çanakkale Cumhuriyet Başsavcılığınca soruşturması yapılan ve kendisini Türk İntikam Tugayı (TİT) Ergenekon örgütü üyesi olarak tanıtan şüpheli Vatan Bölükbaşoğlu’nun Veli Küçük’ün tutuklanması üzerine çeşitli kişilerle Veli Küçük’ten aldığı talimatlar gereği Ergenekon operasyonuna misilleme olmak üzere Başbakan’ın veya Emniyet İstihbarat Daire Başkanının öldürüleceği ve bu iş için silah ve tetikçi temin etmeye çalıştığı hususundaki bilgiler İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına ulaşmıştır. Ocak 2009'da tutuklanan muvazzaf yarbay Mustafa Dönmez’in evindeki özel ajandasından ise Başbakan’a suikast planı krokileri çıkmıştır.