Temmuz ayında operasyonlar genişleyerek sürdü. İstanbul ve Ankara'da düzenlenen operasyonlarda Kuvva-i Milliye Derneği Genel Başkanı Bekir Öztürk, yazar Ergün Poyraz, SESAR araştırma şirketinin sahibi İsmail Yıldız, Mete Yalazangil, gazeteci Hayrullah Mahmud Özgür, eski polisler Kemal Şahin, Mehmet Murat Yücel ve Ferudun Refik Nuhoğlu, Fuat Ermiş, Tuğrul Derme, Zeki Yurdakul Çağman, Tuncay Hacıbektaşoğlu, Saipir Debzlelvidze gözaltına alındı ve bir çoğu tutuklandı.
Sekiz ay boyunca İstanbul Cumhuriyet savcısı Zekeriya Öz tarafından yönetilen teknik takip ve telefon dinlemelerinin ardından 22 Ocak 2008'de büyük çaplı bir operasyon düzenlendi. Sabaha karşı 6 ayrı ilde 24 farklı adrese eş zamanlı baskın yapıldı. emekli Tuğgeneral Veli Küçük, 301. maddeden açtığı davalarla gündeme gelen avukat Kemal Kerinçsiz, Hrant Dink suikastının azmettiricisi olduğu iddiasıyla yargılanan Yasin Hayal'in avukatı Fuat Turgut, gazeteci Güler Kömürcü, Türk Ortodoks Patrikhanesi yöneticisi Sevgi Erenerol, emekli Albay Fikri Karadağ ile Susurluk davası hükümlüsü Sami Hoştan, Drej Ali olarak tanınan Ali Yasak'ın da aralarında bulunduğu 33 kişi gözaltına alındı.
Ergenekon operasyonunun kırılma noktası 22 Mart 2008 tarihindeki 5. dalga gözaltılar oldu. Sabaha karşı İstanbul ve Ankara'daki 20 ayrı adrese baskın düzenleyen emniyet güçleri, İşçi Partisi , Aydınlık ve Ulusal Kanal merkezlerine baskınların yapıldığı bu operasyonda Cumhuriyet gazetesi imtiyaz sahibi İlhan Selçuk, İşçi Partisi genel başkanı Doğu Perinçek ve İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu, Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni Ferid İlsever, İşçi Partisi Genel Başkan Yardımcısı Nusret Senem, Aydınlık Dergisi Genel Yayın Yönetmeni Serhan Bolluk'un aralarında bulunduğu 13 kişi evlerinden gözaltına aldı. İşçi Partisi, Aydınlık Dergisi ve Ulusal Kanal'ın bilgisayarları ve arşivine el konulurken Aydınlık Dergisi bürolarında dört ruhsatsız silah ele geçirildi. Gözaltı haberinin duyulmasının ardından Cumhuriyet gazetesi ve İşçi Partisi binalarının önünde bazı sivil toplum örgütleri gözaltılar ve hükümeti protesto eden gösteriler düzenlendi.
AK Parti hükümetinin soruşturmaya müdahale ettiği yönünde eleştirilere Adalet Bakanı Mehmet Ali Şahin "Herkes görevini yapıyor, görüyorsunuz biz de görevimizi yapıyoruz. Hukuk devletlerinde yasaların verdiği görevleri bu görevlerle yükümlü olanlar yerine getirirler. Yargı organları hakimler ve savcılar ne yasama organından, ne yürütme organından talimat almazlar, onlar yasaların kendilerine vermiş olduğu görev çerçevesinde Türkiye'de suç ve suçluyla mücadele ederler" sözleriyle cevap verdi.
14 Mart 2008'de Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Abdurrahman Yalçınkaya'nın tek başına iktidarda bulunan Adalet ve Kalınma Partisi'ne laiklik karşıtı fiillerin odağı haline geldiği iddiasıyla kapatma davası açması ve 22 Mart 2008'de bir çok ulusalcı ismin gözaltına alındığı Ergenekon operasyonunun zaman olarak yakınlığı bazı kesimlerce Ergenekon'un AK Parti davasının bir rövanşı olduğu şeklinde yorumlanırken bunun tam tersini iddia edenler de mevcuttu.
Kültür ve Turizm bakanı Ertuğrul Günay NTV canlı yayınında AK Parti davası ile asıl önemli tartışmaların önünün kesildiğini belirtip "Bundan kastım Ergenekon soruşturmasıdır. Olaylar öyle gelişti ve geliştirildi ki, sayın Başsavcı dava açmaya zorlandı diyerek Adalet ve Kalkınma Partisi hakkındaki kapatma davası ile Ergenekon soruşturmasını ilişkilendirdi." Günay dava ile ilgili "Türkiye’nin iyiye ve ileri gitmesini istemeyen kişiler çok önemli yerlere sızmış" şeklinde bir yorumda da bulunmuştu. Kapatma davasının açılmasından bir hafta sonraki gözaltıların ardından ana muhalefet lideri Deniz Baykal AKP'nin kadrolaşma aşamasını geride bırakarak kendi derin devletini inşa etme aşamasına geldiğini öne sürdü.
Bu konudaki tartışmaların derinleşmesi üzerine İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin bir basın açıklaması yapmak zorunda kaldı. Operasyonun başlatıldığı tarih ve saatten itibaren basın ve yayın organlarında yapılan yayınlarda son günlerde Türkiye'nin gündeminde yer alan önemli başka davalarla Ergenekon soruşturması arasında paralellik kurulmaya çalışıldığı ve bu doğrultuda yanlış ve gerçek dışı yorum ve değerlendirmeler yapıldığının görüldüğüne" işaret eden Engin, açıklamasında Ergenekon adı verilen soruşturmanın, 2007 yılı Haziran ayında başlatılmış olup gerek 21 Mart 2008 tarihinde, gerekse daha önce bu kapsamda yapılan operasyon ve işlemlerin kamuoyu gündeminde yer alan diğer davalarla hiçbir ilişkisi bulunmadığını belirtti.